Специальные предложения по обзорам литературы и статистической обработке(для статей, кандидатских, докторских, магистерских и PhD диссертаций) для медицинских специалистов из СНГ и ближнего зарубежья!
База данных для агрегированного анализа ClinicalTrials.gov (AACT) — это общедоступный источник, основанный на данных ClinicalTrials.gov. Он был разработан для облегчения агрегированного анализа путем нормализации некоторых метаданных по испытаниям.
ClinicalTrials.gov является регистрация в клинических испытаниях . Она находится в ведении Национальной медицинской библиотеки США (NLM) при Национальном институте здравоохранения и является крупнейшей базой данных клинических испытаний, в которой зарегистрировано более 329 000 исследований из 209 стран.
Перевод
Ссылка на автора
Работа в клинических исследованиях научила меня нескольким важным вещам, и все они могут быть выражены в одной цитате:
«Все сделано хорошо и с осторожностью, освобождает себя от страха».
Это особенно верно для клинических испытаний, в которых исследователи берут на себя ответственность за здоровье и благополучие пациентов.
Весь процесс разработки лекарства чрезвычайно сложен и может занять десятилетия. Новое лекарство впервые изучается в лаборатории, и если оно выглядит многообещающим, его тщательно изучают на людях в ходе клинических испытаний.
Клинические испытания проводятся, чтобы найти лучшие способы профилактики, диагностики и лечения заболеваний. Таким образом, цель клинических испытаний состоит в том, чтобы определить, является ли препарат безопасным и эффективным.
Сегодня большинство клинических испытаний проходят тщательную процедуру регистрации. FDA (Управление по контролю за продуктами и лекарствами)требует, чтобы все лекарства и устройства, проходящие клинические испытания на людях, были зарегистрированы на ClinicalTrials.gov веб-ресурс, предоставляющий общественности легкий доступ к информации о публичных и частных клинических исследованиях. Хотя это, несомненно,отличный инструмент, помогающий пациентам находить исследования, в которых они могут участвовать, он также предоставляет исследователям и медицинским работникам актуальную информацию о новых разработках лекарств.
Вот где мы подходим к другому, чему я научился во время своего путешествия в науку о данных:нет ничего более удовлетворительного, чем работа с легко доступными и структурированными данными.
Один zip-файл, содержащий все записи исследований в формате XML, доступен для скачивания. Давайте посмотрим, какую информацию мы можем извлечь из этих данных.
Во-первых, было бы неплохо показать количество клинических исследований, проведенных во всех частях света на протяжении многих лет. Нажмите здесь, чтобы проверить интерактивную карту, созданную с помощью plotly.
Поскольку ClinicalTrials.gov предоставляет информацию о клинических исследованиях в США, неудивительно, что большинство исследований проводится в США. Помимо этого, фармацевтический рынок США является крупнейшим национальным рынком в мире.
Теперь давайте посмотрим, какая нация стремится активнее участвовать в клинических испытаниях. Чтобы понять это, я возьму количество исследований, начатых в 2016 году для каждой страны, и разделю их на население страны. Вы можете проверить карту здесь.
Неожиданно США теряют здесь свое лидерство. Дания, кажется, имеет больше испытаний на человека, чем в любой другой стране. Вероятно, такое большое количество исследований является результатом многочисленных инициатив правительства Дании по определению страны как предпочтительной страны для клинических испытаний.
Другим примером является карта с несколькими исследованиями рака легких.
Несмотря на то, что США являются лидером, мы видим, что Китай является одним из основных мест для исследований рака. Основной причиной этого может быть то, что Китай является крупнейшим в мире потребителем и производителем табака.
В результате давления со стороны ВИЧ-инфицированных мужчин в гей-сообществе, которые требовали более широкого доступа к клиническим испытаниям, Конгресс США принял Закон 1988 года о продлении программ омнибуса в области здравоохранения (публичный закон 100-607), который предписал разработку базы данных Информационная служба по клиническим испытаниям СПИДа (ACTIS). Эти усилия послужили примером того, что можно было бы сделать для улучшения доступа общественности к клиническим испытаниям, и побудили другие заинтересованные группы, связанные с заболеваниями, настаивать на чем-то похожем для всех болезней.
Модернизации Закон пищевых продуктов и медикаментов в 1997 году (Общественный Закон 105-115) были внесены изменения в продуктах питания, лекарствах и косметических средствах и Закона о государственном здравоохранении , требовать, чтобы NIH создавать и работать общественный ресурс информации, которая стала называться ClinicalTrials. gov, отслеживание исследований эффективности лекарств, проводимых на основании утвержденных заявок на новые исследуемые лекарственные средства (IND) (правила FDA 21 CFR, части 312 и 812). С основной целью улучшения доступа общественности к клиническим испытаниям, в которых люди с серьезными заболеваниями и состояниями могут найти экспериментальное лечение, этот закон требовал информации о:
Национальная медицинская библиотека при Национальных институтах здравоохранения сделала ClinicalTrials.gov доступным для широкой публики через Интернет 29 февраля 2000 года. В этом первоначальном выпуске ClinicalTrials.gov в основном содержала информацию об исследованиях, спонсируемых Национальным институтом здравоохранения, без учета большинства клинических исследований. испытания проводятся частным сектором. 29 марта 2000 г. FDA выпустило проект руководства под названием «Информационная программа по клиническим испытаниям серьезных или угрожающих жизни заболеваний: создание банка данных и внесение его в In) в надежде, что это расширит его использование в промышленности». После того, как в июне 2001 г. был выпущен второй проект руководства, 18 марта 2002 г. было выпущено окончательное руководство под названием «Руководство для отраслевой информационной программы по клиническим испытаниям серьезных или угрожающих жизни заболеваний и состояний». Закон о лучших лекарственных средствах для детей 2004 года (Публичный закон 107-109) внес поправки в Закон о государственной службе здравоохранения, требуя включения дополнительной информации на сайт ClinicalTrials.gov.
В результате обеспокоенности по поводу отслеживания токсичности, возникшей после изъятия некоторых лекарств с рынка рецептов, ClinicalTrials.gov был дополнительно усилен Законом о внесении поправок в Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов 2007 года (Государственный закон США 110-85), который требовал расширения ClinicalTrials.gov. для лучшего отслеживания основных результатов клинических испытаний, требующих:
21 ноября 1997 г. Закон о модернизации Управления по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов 1997 г. предусматривает создание реестра клинических испытаний.
29 февраля 2000 г. выходит в Интернет сайт ClinicalTrials.gov.
16 сентября 2004 г. Рекомендации ICMJE предписывают исследовательским журналам исключать результаты незарегистрированных исследований.
27 сентября 2007 г. Закон о внесении поправок в Закон о пищевых продуктах и медикаментах от 2007 г., раздел 801, предусматривает регистрацию и наказание за несоблюдение.
27 сентября 2008 года отчет об итогах обязателен.
27 сентября 2009 г. сообщение о нежелательных явлениях является обязательным.
Поиск клинического исследования на сайте grls. rosminzdrav
Зайдите на сайт www.grls.rosminzdrav.ru. Наведите курсор мышки на кнопку «Главная» в верхнем меню сайта. Появится выпадающее меню, где нужно кликнуть на ссылку «Реестр разрешенных клинических исследований», после чего Вы попадете на страницу поиска.
клинические исследования — поиск
. Основные параметры поиска в «Реестре разрешенных клинических исследований» — «Наименование ЛП» или «Наименование протокола». Это применимо, если Вы знаете данную информацию. Если нет, то мы рекомендуем просмотреть все клинические исследования за последние полгода/год. Для этого введите нужные даты в графу «Дата создания РКИ».
. Если поиск дал результаты и Вам кажется, что Вы нашли подходящее исследование, то следующим шагом нужно попробовать найти информацию о критериях включения, так как это одно из условий того, чтобы стать участником исследования.
Критерии включения – это те характеристики, при соответствии которым пациент может быть принят в клиническое исследование. В числе таких характеристик могут быть пол, возраст, определенное заболевание, стадия и его длительность, особенности предшествующего лечения и пр.
Эту информацию можно попробовать найти на сайте www.clinicaltrials.gov (см. §2), осуществив поиск по номеру протокола, который указан в графе «Протокол» (ниже на рисунке-примере номер протокола подчеркнут красной линией).
. Обратите отдельное внимание на даты проведения исследования, если оно началось давно, набор пациентов, возможно, уже закрыт. В любом случае, уточнить это Вы можете либо в медицинском центре, либо в компании, организующей исследование.
. Кликнув на строку с исследованием, Вы можете посмотреть список медицинских центров, в которых оно проходит, а также цель клинического исследования, лекарственную форму и дозировку препарата.
Вот идет машинное обучение
Во время работы в области клинических исследований меня особенно интересовало, как фармацевтические компании определяют направление исследований. Большинство компаний стараются сосредоточиться на конкретной нише и разрабатывают продукты, нацеленные на конкретную группу заболеваний. Используя анализ основных компонентов (PCA), можно визуализировать исследования 50 ведущих компаний.
Каждая компания представлена вектором, где каждое значение — это количество исследований конкретной болезни, выполненных компанией. Я также нормализовал значения и использовал PCA, чтобы иметь возможность визуализировать данные. Я определенно призываю вас следовать эта ссылка проверить визуализацию (ВНИМАНИЕ: открытие может занять некоторое время).
Таким образом, мы можем увидеть, какие компании имеют одинаковые интересы в клинических исследованиях
Здесь вы можете видеть, что некоторые компании образуют отдельные кластеры. Например, желтые точки (Sanofi Pasteur, MedImmune LLC и Novartis Vaccines) — это компании, которые работают преимущественно над вакцинами. Фиолетовые внизу (Boston Scientific Corporation, St. Jude Medical и Medtronic Cardiac Rhythm and Heart Failure) известны разработкой продуктов для кардиологии. Неудивительно, что Genentech и Hoffmann-La Roche также довольно близки друг к другу.
Я считаю, что такого рода анализ является отличным способом получить более полное представление о мире клинических испытаний. И, несомненно, потенциал машинного обучения в клинических исследованиях трудно переоценить.
Пожалуйста, поделитесь своими идеями о том, как машинное обучение может быть применено к клиническим исследованиям, в комментариях ниже.
Поиск на сайте www. clinicaltrials. gov
Данный ресурс дает много возможностей поиска, поэтому рекомендуем пробовать варианты поиска по разным параметрам. Со всеми возможностями поиска Вы можете ознакомиться по ссылке http://www.clinicaltrials.gov/ct2/help/how-find/basic
Ниже описан способ поиска исследования по отдельным критериям.
. Зайдите на сайт http://www.clinicaltrials.gov/ и выберете раздел
Далее в разделе укажите следующую информацию:
Если поиск дал результаты, Вы увидите список исследований, подходящих под параметры запроса.
Вы можете ознакомиться с более подробной информацией, кликнув на строчку с интересующем Вас исследованием.
Обратите особое внимание на следующую информацию:
Если Вам кажется, что Вы нашли походящее клиническое исследование, следующим шагом проверьте, идет ли оно в России. Для этого зайдите на сайт www.grls.rosminzrav.ru и попробуйте найти это исследование в реестре Минздрава России – см. §1.
Исследование можно найти по номеру протокола, указанному в строке «Other Study ID Numbers».
Если в этой строке указано более одного номера протокола, попробуйте поочередный поиск.
Инструкция по поиску клинических исследований
Существует два ресурса, чаще всего используемых для поиска клинических исследований, проводимых в Российской Федерации. Первый – официальный реестр Минздрава России www.grls.rosminzdrav.ru». Его преимущество в том, что он на русском языке и содержит список медицинских центров в России, в которых проводится исследование. Второй – www.clinicaltrials.gov– международный реестр клинических исследований Национального института здоровья США. Этот ресурс полезен более подробной и важной информацией об исследованиях как, например, критерии включения, но он ведется на английском языке. Поэтому при поиске клинического исследования мы рекомендуем пользоваться двумя ресурсами параллельно
Есть два ресурса, чаще всего используемых для поиска клинических исследований, проводимых в России. Первый – официальный реестр Минздрава России www.grls.rosminzdrav.ru. Его преимущество в том, что он на русском языке и содержит список медицинских центров в России, в которых проводится исследование. Второй – www.clinicaltrials.gov – международный реестр клинических исследований Национального института здоровья США. Этот ресурс полезен более подробной и важной информацией об исследованиях как, например, критерии включения, но он ведется на английском языке. Поэтому при поиске клинического исследования мы рекомендуем пользоваться двумя ресурсами параллельно.
Шаг 1. Зайдите на сайт http://www.clinicaltrials.gov/ и выберете раздел «Advanced search»
Шаг 2. Далее в разделе “Advanced search” укажите следующую информацию:
Шаг 3. Если поиск дал результаты, Вы увидите список исследований, подходящих под параметры запроса.
Шаг 4. Вы можете ознакомиться с более подробной информацией, кликнув на строчку с интересующем Вас исследованием.
Шаг 5. Если Вам кажется, что Вы нашли походящее клиническое исследование, следующим шагом проверьте, идет ли оно в России. Для этого зайдите на сайт www.grls.rosminzdrav.ru и попробуйте найти это исследование в реестре Минздрава России – см. §1.
Исследование можно найти по номеру протокола, указанному в строке «Other Study ID Numbers».
Если в этой строке указано более одного номера протокола, попробуйте поочередный поиск.
Поиск клинического исследования на сайте www. grls. rosminzrav
Шаг 1. Зайдите на сайт www.grls.rosminzdrav.ru. Наведите курсор мышки на кнопку «Главная» в верхнем меню сайта. Появится выпадающее меню, где нужно кликнуть на ссылку «Реестр разрешенных клинических исследований», после чего Вы попадете на страницу поиска.
Шаг 2. Основные параметры поиска в «Реестре разрешенных клинических исследований» — «Наименование ЛП» или «Наименование протокола». Это применимо, если Вы знаете данную информацию. Если нет, то мы рекомендуем просмотреть все клинические исследования за последние полгода/год. Для этого введите нужные даты в графу «Дата создания РКИ».
Шаг 3. Если поиск дал результаты и Вам кажется, что Вы нашли подходящее исследование, то следующим шагом нужно попробовать найти информацию о критериях включения, так как это одно из условий того, чтобы стать участником исследования.
Критерии включения – это те характеристики, при соответствии которым пациент может быть принят в клиническое исследование. В числе таких характеристик могут быть пол, возраст, определенное заболевание, стадия и его длительность, особенности предшествующего лечения и пр.
Шаг 4. Обратите отдельное внимание на даты проведения исследования, если оно началось давно, набор пациентов, возможно, уже закрыт. В любом случае, уточнить это Вы можете либо в медицинском центре, либо в компании, организующей исследование.
Шаг 5. Кликнув на строку с исследованием, Вы можете посмотреть список медицинских центров, в которых оно проходит, а также цель клинического исследования, лекарственную форму и дозировку препарата.
Отношение к PubMed
PubMed — еще один ресурс, управляемый Национальной медицинской библиотекой . Исследование с идентификационным номером NCT, зарегистрированное на ClinicalTrials.gov, может быть связано со статьей журнала с идентификационным номером PubMed (PMID). Такая ссылка создается либо автором статьи журнала путем упоминания идентификатора испытания в аннотации (ссылка на абстрактное испытание-статья), либо менеджером записи испытаний, когда запись реестра обновляется с помощью PMID статьи, в которой сообщаются результаты испытания ( ссылка на пробную статью реестра). Исследование 2013 года, в котором анализировалось 8907 интервенционных испытаний, зарегистрированных на ClinicalTrials.gov, показало, что 23,2% испытаний содержали статьи с результатами, связанные с абстрактными ссылками, а 7,3% испытаний содержали статьи, связанные с реестром. В 2,7% испытаний были ссылки обоих типов. Большинство исследований связано с одной статьей с результатами (76,4%). Исследование также показало, что 72,2% испытаний не содержали официальной статьи о связанных результатах.
Более поздние разработки
На встрече представителей Национального института здравоохранения в 2009 году докладчики заявили, что одной из целей было выработать более четко определенные и последовательные стандарты отчетности. По состоянию на март 2015 года NIH все еще рассматривал детали этого изменения правила.
Исследование испытаний, проведенных между 2008 и 2012 годами, показало, что около половины из тех, о которых требовалось сообщить, не были представлены. Исследование, проведенное в 2014 году до 2009 года, показало, что во многих из них были серьезные расхождения между тем, что было опубликовано на сайте clinictrials.gov, и рецензируемыми журнальными статьями, в которых сообщалось о тех же исследованиях.
Жизненный цикл пробной записи
Как правило, испытание проходит через этапы: первоначальная регистрация, текущее обновление записей и отправка базовых сводных результатов. Каждая запись о судебном разбирательстве ведется менеджером по записи о судебном разбирательстве. Менеджер записи испытаний обычно обеспечивает первоначальную регистрацию испытания до включения в исследование первого участника. Это также облегчает информирование потенциальных участников о том, что в испытании больше не набирают участников. После того, как все участники были набраны, запись испытания может быть обновлена, чтобы указать, что набор участников закрыт. После того, как все измерения собраны (испытание формально завершено), статус испытания обновляется на «завершено». Если испытание прекращается по какой-либо причине (например, отсутствие регистрации, свидетельство начальных неблагоприятных исходов), статус может быть изменен на «прекращено». После того, как станут известны окончательные результаты испытаний или соблюдены установленные законом сроки, менеджер записи испытаний может загрузить основные итоговые результаты в реестр, заполнив сложную веб-форму или отправив соответствующий файл XML.
