Коронавирус MERS (MERS-CoV), возбудитель ближневосточного респираторного синдрома, относится к роду
(две пневмонии, ОРВИ и сепсис)
Самым эффективным профилактическим мероприятием при коронавирусной инфекции является
1 МАНК – методы амплификации нуклеиновых кислот (раздел 4;
Приложение 3-1.)
2 Определение антигена SARS-CoV-2 методами иммунохроматографии или
другими иммунохимическими методами (раздел 4;
Приложение 3-2.)
Какие СИЗ врач должен одеть перед входом в квартиру? (все правильные ответы)
только 1 (биохимический) — неверный ответ
вроде как 1,2,3 (исследования, биохимический, общий)
ПОРЯДОК ПРОВЕДЕНИЯ ПАТОЛОГОАНАТОМИЧЕСКИХ ВСКРЫТИЙ
В случае смерти в стационаре больного с установленным при жизни
диагнозом COVID-19 или отнесенного к категории «подозрительный и
вероятный случай COVID-19» патологоанатомическое вскрытие в соответствии
с Федеральным законом
№323-ФЗ от 21.11.2011 «Об основах охраны здоровья граждан в Российской
Федерации» и приказом Минздрава России № 354н от 06.06.2013 «О порядке
проведения патологоанатомических вскрытий» проводится в специально
перепрофилированных для подобных вскрытий, в том числе, межстационарных
патологоанатомических отделениях, с соблюдением правил биобезопасности.
Отмена вскрытия не допускается. Категория сложности 5 (приложение 1
Приказа №354н).
Администрация патологоанатомических бюро, больниц, имеющих в своем
составе патологоанатомические отделения, и бюро судебно-медицинской
экспертизы обеспечивает соблюдение требований СП 1.3.3118-13
«Безопасность работы с микроорганизмами I-II групп патогенности
(опасности)» и другими нормативными и методическими документами в
отдельной секционной.
В патологоанатомическом отделении должен быть полный набор инструкций и
необходимых средств для их реализации:
Медицинские отходы, образующиеся в результате патологоанатомического
вскрытия таких трупов, подлежат обеззараживанию и/или обезвреживанию в
соответствии с требованиями к медицинским отходам класса В
(СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические требования к
обращению с медицинскими отходами»).
Вскрытие проводит или контролирует его заведующий или наиболее опытный
патологоанатом. К проведению патологоанатомического вскрытия допускаются
врачи- патологоанатомы, медицинские техники (лаборанты) и санитары
патологоанатомического отделения, прошедшие инструктаж, специальное
обучение (очное или дистанционное). Вскрытие должно быть проведено в
максимально возможные ранние сроки. Время вскрытия необходимо сократить
до минимума. Вскрытие проводится без применения воды при отключенном
стоке, так называемое
«сухое вскрытие». При вскрытии, особенно черепа, необходимо исключить
образование аэрозолей. Аутопсийный материал (кусочки легкого, трахеи,
бронхов и селезенки) в кратчайшие сроки направляется в ФБУЗ «Центр
гигиены и эпидемиологии» в субъекте Российской Федерации на предмет
наличия COVID-19, а также других вирусных и бактериальных возбудителей
ОРИ. Объем и вид биологического материала согласовывается с
территориальным органом Роспотребнадзора.
Для гистологического исследования забирают образцы каждого органа.
Фиксацию производят в 10% нейтральном забуференном растворе формалина,
после фиксации в растворе формалина не менее одних суток материал
биологически безопасен. Фиксация кусочков по продолжительности должна
соответствовать размерам кусочка и может быть при необходимости
увеличена до 48-72 ч. После фиксации и гистологической проводки кусочки
ткани эпидемиологической опасности не представляют, и дальнейшая
пробоподготовка проводится обычным образом. Микроскопическое
исследование включает в обязательном порядке: трахею (проксимальный и
дистальный отделы); центральную часть легкого с сегментарными бронхами,
правые и левые бронхи первого порядка; репрезентативные участки легочной
паренхимы из правого и левого легкого. Обязательно гистологическое
исследование всех других жизненно важных внутренних органов в
зависимости от макроскопически выявленных изменений: миокард, печень,
почки, селезенка, поджелудочная железа, головной мозг и другие. Все
диагностически значимые морфологические изменения необходимо по
возможности фиксировать с помощью макро и микрофото‑ (или видео-)
съемки.
Наиболее характерными путями передачи коронавирусной инфекции являются
* при выраженной почечной недостаточности противопоказаны (см.
инструкцию к препаратам);
** единого определения промежуточных доз антикоагулянтов нет;
*** при отсутствии антикоагулянтов для парентерального введения;
**** при отсутствии ривароксабана и апиксабана.
Рутинное мониторирование анти-Ха активности в крови при подкожном
введении антикоагулянтов не требуется. Однако, если возможно, его
целесообразно использовать для подбора дозы у больных с очень низкой или
высокой массой тела, выраженным нарушением функции почек, высоким риском
кровотечений, при беременности. Целевые значения для профилактического
применения 0,2-0,6 анти-Ха ЕД/мл, для лечебных доз 0,6-1,0 анти-Ха
ЕД/мл. При применении НМГ кровь для определения анти-Ха активности
берется через 4-6 ч после введения препарата (оптимально после 3-4-х
инъекций), при подкожном введении промежуточных доз НФГ – посередине
между инъекциями, при внутривенной инфузии НФГ – через 6 часов после
каждого изменения дозы.
Естественными хозяевами большинства из известных в настоящее время коронавирусов являются
Зарегистрированные в настоящее время на территории Российской Федерации наборы реагентов для выявления РНК SARS-CoV-2 могут отличаться следующими характеристиками:
— МАНК (ПЦР и петлевая изотермическая амплификация);
— чувствительность наборов (от 5 x 102 до 105);
— наличие полной комплектации от этапа выделения до получения конечного результата (только этап ПЦР или все этапы);
— наличие внутреннего контрольного образца (есть или нет);
— дизайн набора (детекция нескольких таргетных участков генома SARS-CoV-2, детекция одного таргетного участка генома SARS-CoV-2, детекция SARS-подобных участков генома коронавирусов);
— выдаваемый результат (SARS-CoV-2, или SARS-подобные вирусы без дифференцировки);
— длительность проведения исследования (от 1 ч до 6 ч).
ЭТИОЛОГИЯ, ПАТОГЕНЕЗ И ПАТОМОРФОЛОГИЯ
Коронавирусы (Coronaviridae) – это большое семейство РНК-содержащих
вирусов, способных инфицировать как животных (их естественных хозяев),
так и человека. По результатам серологического и филогенетического
анализа коронавирусы разделяются на четыре рода: Alphacoronavirus,
Betacoronavirus, Gammacoronavirus и Deltacoronavirus. У людей
коронавирусы могут вызвать целый ряд заболеваний – от легких форм острой
респираторной инфекции (ОРВИ) до тяжелого острого респираторного
синдрома (ТОРС или SARS). В настоящее время среди населения циркулируют
четыре сезонных коронавируса (HCoV-229E, -OC43, -NL63 и -HKU1), которые
круглогодично присутствуют в структуре ОРВИ, и, как правило, вызывают
поражение верхних дыхательных путей легкой и средней степени тяжести, а
также два высокопатогенных коронавируса – вирус ближневосточного
респираторного синдрома (MERS) и новой коронавирусной инфекции COVID-19.
До 2002 г. коронавирусы рассматривались в качестве агентов, вызывающих
нетяжелые заболевания верхних дыхательных путей (с крайне редкими
летальными исходами). В период с 2002 по 2004 гг. коронавирус SARS-CoV
из рода Betacoronavirus (резервуар – летучие мыши, промежуточный
резервуар – циветты) впервые стал причиной развития эпидемии так
называемой атипичной пневмонии (ТОРС) и подтвержденной причиной смерти
774 человек в 37 странах мира. С 2004 г. новых случаев атипичной
пневмонии, вызванной SARS-CoV, не зарегистрировано. Очередная
эпидемия, вызванная коронавирусом MERS-CoV (резервуар – одногорбые
верблюды), также из рода Betacoronavirus – ближневосточный
коронавирусный синдром, началась в 2012 г. на Аравийским полуострове
(82% случаев в Саудовской Аравии). До 2020 г. зарегистрировано 866
летальных исходов от MERS. В настоящий момент MERS-CoV продолжает
циркулировать и вызывать новые случаи заболевания.
SARS-CoV-2 – вирус с одноцепочечной РНК позитивной полярности,
относящийся к семейству Coronaviridae, роду Betacoronavirus.
Генетическая последовательность SARSCoV-2 сходна с последовательностью
SARS-CoV по меньшей мере на 79%. Генетический анализ свыше 200 тысяч
геномов SARS-CoV-2, полученных в результате секвенирования, позволяет
выделить отдельные генетические группы возбудителя, часто связанные с
его циркуляцией в определенных географических областях мира.
Появление мутаций является типичным для РНК-содержащих вирусов. Анализ
различных линий циркулирующих штаммов SARS-CoV-2 в начале мая 2020 года
показал, что их разнообразие внутри отдельных стран постепенно
снижается, вероятно, из-за исчезновения некоторых вирусных линий и
быстрого распространения других (доминирующих) линий. Исходный штамм,
выделенный из образцов от пациентов, госпитализированных в Ухане в
декабре 2019 года, был отнесен к генетическому клайду L и является
референсным геномом для всех последующих полученных при секвенировании
последовательностей. В начале января 2020 года несколько изменившийся
штамм SARS-CoV-2 был отнесен к клайду S, а затем также выделили клайд О.
Первоначальное разделение вирусов SARS-CoV-2 на клайды базировалось на
минорных мутациях в структуре генома, которые не имели значения для
практического здравоохранения, поскольку не изменяли биологические
свойства вируса (вирулентность, контагиозность, чувствительность к
противовирусным препаратам). В дальнейшем, циркулирующие штаммы
SARS-CoV-2 также продолжали накапливать отдельные точечные мутации в
геноме, которые привели к выделению следующих двух клайдов: клайда V в
середине января 2020 года (с мутациями в белках NSP6 и ORF3) и клайда G
с характерной мутацией D614G. Данный клайд также разделился впоследствии
(примерно с февраля 2020 года) на два подклайда GR и GH, самые
распространенные в мире. Большинство выделенных в России вирусов также
относятся к клайду G (GR и GH).
В декабре 2020 г. в Великобритании выявлен новый вариант возбудителя —
VUI 202012/01 (вариант в стадии расследования, 2020 год, месяц 12,
вариант 01). Исследования свойств VUI 202012/01 продолжаются. Однако к
настоящему времени не сообщалось о более тяжелом течении или более
высокой летальности при инфекции, вызванной новым вариантом. Большинство
зарегистрированных мутаций SARS-CoV-2
не имеют функционального значения. В настоящее время нет данных о связи
мутаций в геноме SARS-CoV-2 с тяжестью и прогнозом течения COVID-19.
Учитывая высокую патогенность, вирусы SARS-CoV, SARS-CoV-2 и MERS-CoV
отнесены ко II группе патогенности.
При комнатной температуре (20-25 °С) SARS-CoV-2 способен сохранять
жизнеспособность на различных объектах окружающей среды в высушенном
виде до 3 суток, в жидкой среде – до 7 суток. Вирус остается стабильным
в широком диапазоне значений рН (до 6 дней при значении рН от 5 до 9 и
до 2 дней при рН4 и рН11). При температуре +4 °С стабильность вируса
сохраняется более 14 дней. При нагревании до 37 °С полная инактивация
вируса происходит в течение 1 дня, при 56 °С — в течение 45 минут, при
70 °С – в течение 5 минут. Вирус чувствителен к ультрафиолетовому
облучению дозой не менее 25 мДж/см2 и действию различных
дезинфицирующих средств в рабочей концентрации.
Входные ворота возбудителя – эпителий верхних дыхательных путей и
эпителиоциты желудка и кишечника. Начальным этапом заражения является
проникновение SARS-CoV-2 в клетки-мишени, имеющие рецепторы
ангиотензинпревращающего фермента II типа (АПФ2). Клеточная
трансмембранная сериновая протеаза типа 2 (ТСП2) способствует связыванию
вируса с АПФ2, активируя его S-протеин, необходимый для проникновения
SARS‑CoV‑2 в клетку. В соответствии с современными представлениями АПФ2
и ТСП2 экспрессированы на поверхности различных клеток органов дыхания,
пищевода, кишечника, сердца, надпочечников, мочевого пузыря, головного
мозга (гипоталамуса) и гипофиза, а также эндотелия и макрофагов.
Нуклеокапсидный белок вируса был обнаружен в цитоплазме эпителиальных
клеток слюнных желез, желудка, двенадцатиперстной и прямой кишки,
мочевыводящих путей, а также в слезной жидкости. Однако основной и
быстро достижимой мишенью SARS-CoV-2 являются альвеолярные клетки II
типа (AT2) легких, что определяет развитие диффузного альвеолярного
повреждения. Полагают, что при COVID-19 может развиваться катаральный
гастроэнтероколит, так как вирус поражает клетки эпителия желудка,
тонкой и толстой кишки, имеющие рецепторы АПФ2. Однако его
морфологические особенности изучены недостаточно. Есть данные о
специфическом поражении сосудов (эндотелия), а также миокарда, почек и
других органов. Изменения иммунокомпетентных органов изучены
недостаточно, обсуждается возможность специфического поражения
лимфоцитов с их апоптозом и пироптозом (лежит в основе характерной и
прогностически неблагоприятной лимфопении), синдрома гиперактивности
макрофагов и гемофагоцитраного синдрома, нетоза нейтрофильных лейкоцитов
(как одной из причин синдрома диссеминированного внутрисосудистого
свертывания (ДВС)).
На основании способности SARS-CoV-2 поражать различные органы и ткани
высказывается идея о существовании дополнительных рецепторов и
ко-рецепторов вируса помимо АПФ2. В частности, обсуждается роль CD147 в
инвазии клеток SARS‑CoV‑2.
Установлено, что диссеминация SARS-CoV-2 из системного кровотока или
через пластинку решетчатой кости может привести к поражению головного
мозга. Изменение обоняния (аносмия) у больных на ранней стадии
заболевания может свидетельствовать как о поражении ЦНС вирусом,
проникающим через обонятельный нерв, так и о морфологически
продемонстрированном вирусном поражении клеток слизистой оболочки носа,
не исключена роль васкулита.
При патологоанатомическом исследовании ткани легкого специфические
макроскопические признаки COVID-19 не установлены, хотя морфологическая
картина может рассматриваться как характерная. В наблюдениях, в которых
резко преобладают признаки тяжелой дыхательной недостаточности,
отмечается картина ОРДС («шокового легкого» или диффузного альвеолярного
повреждения): резкое полнокровие и диффузное уплотнение легких,
практически неотличимое от наблюдавшегося при «свином» гриппе А/H1N1pdm
(в 2009 г. и в последующие годы), кроме типичных для SARS‑CoV‑2
поражения сосудистой системы легких (эндотелиит) и выраженного
альвеолярно-геморрагического синдрома. Легкие увеличены в объеме и
массе, тестоватой или плотной консистенции, маловоздушные или
безвоздушные; лакового вида с поверхности, темно-красного (вишневого)
цвета, при надавливании с поверхностей разрезов стекает темно-красная
жидкость, с трудом выдавливаемая из ткани. Кроме разной величины
кровоизлияний, встречаются геморрагические инфаркты, обтурирующие
тромбы, преимущественно в ветвях легочных вен. Значимых поражений трахеи
при этом не наблюдается, выявляемый серозно-гнойный экссудат и гиперемия
слизистой оболочки у интубированных пациентов связаны с нозокомиальной
инфекцией. В случаях, когда COVID-19 присоединялся к другой тяжелой
патологии, закономерно отмечается сочетание изменений характерных для
разных заболеваний.
Характер морфологических изменений при легком течении COVID-19
неизвестен. Исходя из анализа клинической симптоматики, можно
предполагать тропность вируса к эпителию гортани, мерцательному эпителию
дыхательных путей на всем протяжении, альвеолоцитам I и II типов. Судя
по всему, вирусные поражения у таких пациентов не приводят к развитию
выраженного экссудативного воспаления и соответственно катаральных
явлений.
Критическая форма COVID-19 является разновидностью цитокинового шторма,
а ее проявления сходны с течением первичного и вторичного
гемофагоцитарного лимфогистиоцитоза (ГЛГ) или синдрома активации
макрофагов (САМ). При критическом течении COVID-19 развивается
патологическая активация врожденного
и приобретенного (Th1- и Th17-типы) иммунитета, «дисрегуляция» синтеза
«провоспалительных», иммунорегуляторных, «антивоспалительных» цитокинов
и хемокинов: ИЛ1, ИЛ2, ИЛ6, ИЛ7, ИЛ8, ИЛ9, ИЛ10, ИЛ12, ИЛ17, ИЛ18,
гранулоцитарный колониестимулирующий фактор (Г-КСФ), гранулоцитарно-
макрофагальный колониестимулирующий фактор (ГМ-КСФ), фактор некроза
опухоли α (ФНОα), ИФНγ-индуцируемый белок 10, ИФНα и ИФНβ, моноцитарный
хемоаттрактантный белок 1 (МХБ1), макрофагальный воспалительный белок 1α
(МВБ1α), а также маркеров воспаления (СРБ, ферритин).
Отличие COVID-19-индуцированного вторичного ГЛГ от других форм вирус-
индуцированного цитокинового шторма заключается в том, что
органом-мишенью при этом варианте цитокинового шторма являются легкие,
что связано с тропизмом коронавируса к легочной ткани, а также в более
умеренном повышении уровня ферритина сыворотки крови. Гиперактивация
иммунного ответа при COVID-19 часто ограничивается легочной паренхимой,
прилегающей бронхиальной и альвеолярной лимфоидной тканью, и
ассоциируется с развитием ОРДС.
В раннем периоде COVID-19-пневмонии наблюдаются нормальный уровень
фибриногена крови, регионального фибринолиза и высокий уровень D-димера,
что не является признаком развития острого синдрома активации
макрофагов. Этот процесс можно расценивать как САМ-подобное
внутрилегочное воспаление, которое усиливает выраженность локальной
сосудистой дисфункции, включающую микротромбоз и геморрагии, что в
большей степени приводит развитию легочной внутрисосудистой
коагулопатии, чем диссеминированного внутрисосудистого свертывания.
У пациентов с критическим течением COVID-19 развивается васкулярная
эндотелиальная дисфункция, коагулопатия, тромбозы с наличием антител к
фосфолипидам, с клинической картиной, напоминающей катастрофический
антифосфолипидный синдром. Клинические и патологические изменения трудно
дифференцировать с полиорганным тромбозом, развивающимся при ДВС и
тромботической микроангиопатии (ТМА).
Цитокиновый шторм при COVID-19, как правило, приводит к развитию ОРДС,
полиорганной недостаточности и может быть причиной летального исхода.
При микроскопическом исследовании обращают внимание интраальвеолярный
отек с примесью в отечной жидкости эритроцитов, макрофагов, слущенных
альвеоцитов, единичных нейтрофилов, лимфоцитов и плазмоцитов;
интраальвеолярные гиалиновые мембраны, распространяющиеся иногда до
внутренней поверхности бронхиол; десквамация альвеолярного (в виде
отдельных клеток и их пластов) и бронхиолярного эпителия; появление
крупных, неправильной формы альвеоцитов II типа, с увеличенными ядрами с
грубозернистым хроматином и отчетливыми ядрышками (в некоторых из них
вокруг ядра видно гало,
а в цитоплазме – округлые базофильные и эозинофильные включения,
характерные для вирусного повреждения клеток); пролиферация
альвеолоцитов II типа, образование их симпластов. Характерна слабо
выраженная периваскулярная и перибронхиальная лимфоидная и
макрофагальная инфильтрация, а также инфильтрация межальвеолярных
перегородок и стенок мелких сосудов, представленная различными
популяциями лимфоцитов и макрофагов. Преобладают CD3+ Т лимфоциты, среди
них – CD2+, CD5+, CD8+ Т-клетки. B-лимфоциты (CD20+, C80+) сравнительно
немногочисленны, натуральные киллеры (CD16+/CD56+) практически
отсутствуют. Вирус SARS-CoV-2 выявляется в реснитчатых клетках бронхов,
эпителии бронхиол, в альвеолоцитах и макрофагах, а также в эндотелии
сосудов с помощью методов амплификации нуклеиновых кислот (МАНК), при
иммуногистохимическом, ультраструктурном исследованиях.
Специфическое вирусное и вызванное цитокиновым штормом (а в более
поздние сроки – возможно и аутоиммунное) повреждение эндотелия,
получившее название SARS‑CoV‑2-ассоциированый эндотелиит, – основа
характерной для COVID-19 микроангиопатии преимущественно легких, реже –
других органов (миокарда, головного мозга и др.), причем в ряде
наблюдений развивается локальный легочный или системный
продуктивно-деструктивный тромбоваскулит.
Изучается возможная связь между дефицитом фолиевой кислоты,
гипергомоцистеинемией и развитием осложнений COVID-19 со стороны
сердечно- сосудистой системы, а также значение их коррекции препаратами,
содержащими фолиевую кислоту, в лечении новой короновирусной инфекции.
В патогенезе COVID-19 поражение микроциркуляторного русла играет
важнейшую роль. Для поражения легких при COVID-19 характерны выраженное
полнокровие капилляров межальвеолярных перегородок, а также ветвей
легочных артерий и вен, со сладжами эритроцитов, свежими фибриновыми и
организующимися тромбами; внутрибронхиальные, внутрибронхиолярные и
интраальвеолярные кровоизлияния, являющиеся субстратом для
кровохарканья, а также периваскулярные кровоизлияния. Выраженный
альвеолярно-геморрагический синдром характерен для большинства
наблюдений, вплоть до формирования, фактически, геморрагических
инфарктов (хотя и истинные геморрагические инфаркты не редки). Тромбы
сосудов легких важно отличать от тромбоэмболов, так как тромбоэмболия
легочной артерии (ТЭЛА) также характерна для COVID-19. Тромбоз легочных
артерий иногда прогрессирует до правых отделов сердца, описан тромбоз
артерий разных органов с развитием их инфарктов (миокарда, головного
мозга, кишечника, почек, селезенки), описана также гангрена конечностей.
Это отличает изменения в легких при COVID-19 от ранее наблюдавшихся при
гриппе A/H1N1 и других коронавирусных инфекциях. Несмотря на выраженный
альвеолярно-геморрагический синдром, значительных отложений гемосидерина
не наблюдается. Описанные поражения легких и других
органов являются причиной смерти без присоединения бактериальной или
микотической суперинфекции. Ее частота не превышает 30-35%, в основном у
больных при длительной искусственной вентиляции легких (ИВЛ).
В части наблюдений выявлены изменения и в других органах (помимо
васкулита), которые можно предположительно связать с генерализацией
коронавирусной инфекции: кишечнике (катаральный и геморрагический
гастроэнтероколит), головном мозге и мягкой мозговой оболочке (энцефалит
и менингит), сердце (миокардит), поджелудочной железе, почках,
селезенке. Весьма вероятны и прямые вирусные поражения плаценты, в
единичных наблюдениях показана возможность внутриутробного
инфицирования, клиническое значение которого требует дальнейшего
изучения. Отмечены тяжелые поражения микроциркуляторного русла в связи с
развитием ДВС, которые оказались наиболее выраженными в легких и почках.
Описаны типичные для COVID-19 кожные проявления – от геморрагического
синдрома до высыпаний различного вида, патогенез которых не ясен. Есть
данные, что SARS‑CoV2 способен активировать предшествующие хронические
инфекционные процессы.
На основании исследований аутопсийного материала с учетом клинической
картины заболевания можно выделить, как минимум, следующие клинические и
морфологические маски COVID-19: сердечную, мозговую, кишечную, почечную,
печеночную, диабетическую, тромбоэмболическую (при тромбоэмболии
легочной артерии), септическую (при отсутствии бактериального или
микотического сепсиса), микроангиопатическую (с системной
микроангиопатией), кожную.
Таким образом, как и при других коронавирусных инфекциях, а также гриппе
А/H1N1 в большинстве наблюдений основным морфологическим субстратом
COVID-19 является диффузное альвеолярное повреждение, но, в отличие от
них, с одновременным тяжелым поражением сосудистого русла и у ряда
больных различных органов и систем. Термин вирусной (интерстициальной)
пневмонии, широко используемый в клинике, по сути своей отражает именно
развитие диффузного альвеолярного повреждения. В свою очередь, тяжелое
диффузное альвеолярное повреждение является синонимом клинического
понятия «острый респираторный дисстресс-синдром» (ОРДС).
Многие аспекты патогенеза и патоморфологии коронавирусной инфекции
нуждаются в дальнейшем комплексном изучении с использованием современных
методов.
ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРОВЕДЕНИЮ ДИАГНОСТИКИ COVID-19 С ПРИМЕНЕНИЕМ МЕТОДОВ АМПЛИФИКАЦИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ
В соответствии с приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации N 198н и Методическими рекомендациями МР 3.1.0169-20 «Лабораторная диагностика COVID-19», утвержденным Главным санитарным врачом Российской Федерации 30.03.2020, диагностика новой коронавирусной инфекции проводится во всех лабораториях Российской Федерации вне зависимости от их организационно-правовой формы (далее — Лаборатория), имеющих санитарно-эпидемиологическое заключение о возможности проведения работ с возбудителями инфекционных заболеваний человека III — IV патогенности и условия для исследований с применением МАНК.
Для выявления возбудителя SARS-CoV-2 используются МАНК (без накопления возбудителя), с применением зарегистрированных в установленном порядке на территории Российской Федерации тест-систем, в соответствии с инструкциями по их применению.
Этиологическая диагностика COVID-19 проводится с применением методов амплификации РНК с обратной транскрипцией и флуоресцентной детекцией: методами полимеразной цепной реакции в реальном времени (ОТ ПЦР-РВ) и изотермальной амплификации.
Для выявления COVID-19 исследуются респираторные диагностические материалы, взятые у пациента: мазки из носоглотки и ротоглотки, мокрота, эндотрахеальный аспират, бронхоальвеолярный лаваж и другие виды материала.
Сбор, хранение и транспортировка диагностического материала.
Забор диагностического материала, его упаковка, маркировка и транспортировка осуществляется в соответствии с требованиями и правилами к работе с материалами, потенциально инфицированными возбудителями II группы патогенности, их хранении и транспортировки согласно МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих МАНК при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I — IV групп патогенности» и Методическими рекомендациями Роспотребнадзора МР 3.1.0169-20 «Лабораторная диагностика COVID-19».
Медицинский работник, выполняющий забор диагностического материала, его маркировку и упаковку, должен пройти инструктаж по санитарно-эпидемиологическим требованиям и правилам биологической безопасности при работе с пациентами, потенциально инфицированными микроорганизмами II группы патогенности. Биологический материал (мазки из носоглотки, ротоглотки, фекалии) может быть отобран самостоятельно пациентом согласно инструкции. Медицинский работник должен быть обеспечен СИЗ: респираторы типа FFP2 или их эквивалент, или пневмошлем, обеспечивающий более высокий уровень защиты; очки для защиты глаз или защитный экран; противочумный костюм, одноразовые латексные (резиновые) перчатки; водонепроницаемый фартук.
Мазок из носоглотки или ротоглотки (зева) берется стерильным тампоном, который после взятия материала помещается в стерильную пластиковую пробирку с транспортной средой (с учетом рекомендаций производителя применяемых наборов реагентов). Для повышения концентрации вируса носоглоточные и орофарингеальные мазки должны быть помещены в одну пробирку. Температура при транспортировке должна быть +2° — +8 °C. Время хранения образцов до исследования не должна превышать 5 дней при +2° — +8 °C, может быть больше при -20 °C или -70 °C.
Мокрота собирается в одноразовый стерильный пластиковый контейнер объемом 30 — 50 мл, герметично закрывающийся завинчивающейся пробкой. Диаметр горлышка контейнера должен быть не менее 30 мм. Необходимо убедиться, что собранный материал представляет собой мокроту (отделяемое нижних дыхательных путей). Транспортировка образцов может проводиться при температуре +2° — +8 °C. Время хранения образцов до исследования не должна превышать 48 часов дней при +2° — +8 °C. при хранении в транспортной среде, содержащей противогрибковые и антибактериальные препараты, более — при -20 °C или -70 °C.
Эндотрахеальный аспират, аспират носоглотки или смыв из носа собирается в стерильный одноразовый контейнер. Транспортировка образцов может проводиться при температуре +2° — +8 °C. Время хранения образцов до исследования не должна превышать 48 ч при +2° — +8 °C, более — при -20 °C или -70 °C.
Бронхоальвеолярный лаваж собирается в стерильный одноразовый контейнер. Транспортировка образцов может проводиться при температуре +2° — +8 °C. Время хранения образцов до исследования не должна превышать 48 ч при +2° — +8 °C, более — при -20 °C или -70 °C.
Ткани биопсии или аутопсии, включая легкие, помещаются в одноразовые контейнеры с физиологическим раствором, содержащим противогрибковые и антибактериальные препараты (собирается в стерильный одноразовый контейнер). Транспортировка образцов может проводиться при температуре +2° — +8 °C. Время хранения образцов до исследования не должна превышать 24 ч при +2° — +8 °C, более — при -20 °C или -70 °C.
Для идентификации образцов контейнеры/пробирки маркируются в месте сбора с использованием самоклеящихся этикеток с информацией, обеспечивающей однозначную идентификацию образца и его соответствие направлению.
Транспортировка герметично закрытых контейнеров с образцами в лабораторию осуществляется в специальных контейнерах/биксах. Направления и другая документация на бумажных носителях передается в отдельном полиэтиленовом пакете.
При необходимости пересылки образцов в лабораторию другого медицинского учреждения выполняются требования к пересылке инфекционных материалов II группы патогенности (СП 1.2.036-95 «Порядок учета, хранения, передачи и транспортирования микроорганизмов I — IV групп патогенности»).
Пробирки/контейнеры с образцами вместе с крышкой герметизируют различными пластификаторами (парафин, парафильм и др.); емкость маркируют. Образцы каждого пациента помещают в индивидуальный герметичный пакет с адсорбирующим материалом и дополнительно упаковывают в общий герметичный пакет.
Два или более образца одного пациента могут быть упакованы в один пластиковый пакет. Запрещается упаковывать образцы клинического материала от разных людей в одну упаковку.
Пакет с контейнерами помещают в герметично закрывающийся контейнер для транспортировки биологических материалов. Контейнер помещают в пенопластовый термоконтейнер с охлаждающими термоэлементами. Транспортный контейнер опечатывается и маркируется. В контейнер желательно поместить одноразовый индикатор, контролирующий соблюдение температуры от +2° до +8 °C.
Сопроводительные документы помещаются в индивидуальную упаковку отдельно от биологического материала и прочно прикрепляются снаружи контейнера.
Направление на исследование.
Направление на лабораторное исследование оформляется в электронном виде (через систему удаленной электронной регистрации, или в виде электронного заказа в программе МИС врачом-клиницистом), или на бумажном носителе.
Направление на лабораторное исследование должно содержать:
— персональные данные пациента, обеспечивающие его однозначную идентификацию;
— наименование направившего биоматериал отделения (организации);
— предварительный диагноз заболевания: «пневмония» или «ОРВИ» или «обследование контактировавших лиц на SARS-CoV-2»;
— указание вида диагностического материала;
— дату и время назначения лабораторного исследования;
— дату и время взятия материала;
— фамилию, имя, отчество (при наличии) и должности врача либо другого уполномоченного представителя, назначившего лабораторное исследование.
— фамилию, имя, отчество (при наличии) медицинского работника, осуществившего забор биоматериала.
При направлении диагностических материалов для исследования в лабораторию другой медицинской организации, помимо сведений, перечисленных выше, должно быть указано наименование медицинской организации, в которую направляется диагностический материал.
В направлениях образцов пациентов с респираторными симптомами, прибывших из стран с зарегистрированными случаями COVID-19, или относящихся к группам риска, должно быть отмечено «Cito». Эти образцы должны направляться в лабораторию и исследоваться в приоритетном порядке.
Передача образцов диагностических материалов от пациентов с подозрением на COVID-19 проводится с предоставлением направлений и оформлением Акта приема-передачи, в котором должны содержаться:
— наименование направившего на исследование образцы медицинского учреждения/отдела/подразделения;
— наименование принявшего на исследование образцы медицинского учреждения/отдела/подразделения;
— дату передачи образцов;
— фамилию, имя, отчество и подпись передавшего образцы сотрудника;
— фамилию имя, отчество и подпись принявшего образцы сотрудника;
— перечень передаваемых образцов (с обозначением образцов, направленных на исследование «Cito») и их количество.
Акт оформляется в двух экземплярах, один для направившей организации, другой для принявшей образцы организации.
Сроки выполнения исследования.
Время представления заключения по результатам исследования при получении отрицательных, сомнительных или положительных результатов не должно превышать 48 часов с момента поступления образца биологического материала в лабораторию, за исключением случаев выбраковки образцов. При назначении исследования «Cito» результат должен быть предоставлен в течение нескольких часов, в зависимости от применяемых наборов реагентов.
Требования к помещениям и оснащению лабораторий.
Лабораторные исследования для обнаружения возбудителя COVID-19, отнесенного ко II группе патогенности, должны проводиться с соблюдением санитарно-эпидемиологических правил СП 1.3.3118-13 «Безопасность работы с микроорганизмами I — II групп патогенности (опасности)», а также при использовании молекулярно-генетических методов (без накопления возбудителя) в лабораториях, имеющих санитарно-эпидемиологическое заключение о возможности проведения работ с микроорганизмами III группы патогенности (п. 2.1.6. С П 1.3.3118-13 «Безопасность работы с микроорганизмами I — II групп патогенности (опасности)») в соответствии с требованиями СП 1.3.2518-09 (1.3.2322-08) «Безопасность работы с микроорганизмами III — IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней».
Требования к помещению и оборудованию при проведении специфической лабораторной (этиологической) диагностики COVID-19 соответствуют вышеприведенным санитарным правилам и правилам, изложенным в МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих МАНК при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I — IV групп патогенности». Для предотвращения перекрестной контаминации образцов амплифицированными продуктами рабочие зоны для выделения РНК и проведения МАНК с обратной транскрипцией и учета ее результатов при использовании гибридизационно-флуоресцентного метода детекции должны быть расположены в отдельных помещениях, удаленных друг от друга.
Лаборатория должна иметь оборудование, достаточное для проведения МАНК для диагностики COVID-19, с учетом применяемых методов и объема работы.
Лаборатория должна иметь СИЗ (одноразовая защитный костюм IV типа, маски, респираторы, защитные очки, одноразовые латексные (резиновые) перчатки и др.) в достаточных количествах в соответствии с СП 1.3.3118-13, включающих необходимое количество комплектов для каждой рабочей зоны, возможность смены СИЗ в течение дня, запас СИЗ, обеспечивающий бесперебойное обеспечение персонала.
Лабораторные этапы диагностики.
На этапе приема, сортировки и регистрации материала лаборатория должна проводить выбраковку образцов, для которых информация в направлении не совпадает с данными на этикетке или в Акте передачи, нарушены сроки и правила транспортировки, нарушена герметичность контейнеров. Лаборатория обязана сообщить в медицинское учреждение/отделение или направившему образцы врачу о выбраковке образцов и ее причине.
Для проведения МАНК лаборатории применяют зарегистрированные в Российской Федерации как изделия медицинского назначения тест-системы/реагенты. Специалисты лаборатории должны владеть МАНК.
При получении положительного результата на COVID-19 необходимо незамедлительно информировать территориальные органы Роспотребнадзора в субъектах Российской Федерации и направлять биологический материал в федеральные бюджетные учреждения здравоохранения — центры гигиены и эпидемиологии в субъектах Российской Федерации.
Дезинфекция, обращение с отходами.
В лаборатории проводится периодическая обработка помещений с применением бактерицидных УФ-излучателей (Руководство Р3.5.1904-04 «Использование ультрафиолетового бактерицидного излучения для обеззараживания воздуха в помещениях») и дезинфицирующих средств, в соответствии с СП 1.3.2518-09 (1.3.2322-08). Обработка помещений проводится по окончанию работы.
При проведении исследований образуются отходы, относящиеся к классам А, Б, В и Г (СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами»).
Все использованные одноразовые материалы и другие отходы подвергаются обработке дезинфицирующими средствами и последующей утилизации в соответствии с СанПин 2.1.7.2527-09 (2.1.7.728-99) «Правила сбора, хранения и удаления отходов лечебно-профилактических учреждений» и МУ 287-113 «Методические указания по дезинфекции, предстерилизационной очистке и стерилизации изделий медицинского назначения».
Какие СИЗ врач должен надеть, войдя в квартиру?
ДН — дыхательная недостаточность; КТ ОГТ — компьютерная томография органов грудной клетки; РГК — рентген грудной клетки КлАнКр — клинический анализ крови, СРБ — С-реактивный белок, б/х — биохимический анализ крови, КГр — коагулограмма (Протромбиновое время, АЧТВ, фибриноген)
